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Les microorganismes, bactéries et virus d'origine entérique, sont abondants dans les rejets urbains. Si la charge bactériologique contenue dans les eaux usées est notablement réduite lors des traitements appliqués dans les stations d'épurations, de nombreux microorganismes persistent et sont rejetés avec les eaux épurées dans le milieu récepteur, en rivière ou directement en mer. Le développement de méthodes analytiques basées sur la biologie moléculaire a permis récemment la détection de virus entériques non cultivables dans les échantillons de l'environnement, tels que les entérovirus, le virus de l'hépatite A, les calicivirus, les astrovirus et les rotavirus. En France, les données publiées sur la présence de ces virus entériques, détectés par RTPCR, dans l'environnement littoral, restent encore limitées. Cette étude présente les résultats de la contamination virale de coquillages dans un ensemble lagunaire méditerranéen, au cours d'un suivi mensuel portant sur trois années consécutives. Cinq virus ont été recherchés dans les coquillages, les entérovirus, le virus de l'hépatite A, les calicivirus, les astrovirus et les rotavirus ; en parallèle, les bactériophages ont été quantifiés. En périodes épidémiques, des analyses de virus ont été réalisées dans les selles de la population littorale. Une première comparaison des souches virales trouvées dans la population et dans l'environnement marin a été entreprise.
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