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Le développement des activités humaines dans les régions littorales entraîne le rejet de germes pathogènes d'origine fécale dans l'environnement estuarien et marin. L'amélioration des traitements d'épuration, mais aussi la mise en place de normes bactériologiques pour surveiller les zones de production conchylicole, ont entraîné une diminution des épidémies liées à la consommation de coquillages. Ainsi, à l'heure actuelle, même si l'origine de ces gastro-entérites n'est pas élucidée dans sa globalité (rôle probable des vibrios ou d'autres bactéries), les virus semblent jouer un rôle important et leur implication té clairement établie dans les phénomènes épidémiques (Miossec et Vaillant, 2001) Les principaux virus humains susceptibles d'être détectés dans l'environnement sont les virus présentant un cycle de multiplication entérique. Parmi les nombreux types (au moins120 types différents) de virus excrétés dans les fèces de malades ou de porteurs sains, on trouve les entérovirus, hépatovirus, rotavirus, calcivirus (virus Norwalk* - like et Sapporolke), astrovirus, adénovirus, coronavirus, parvovirus..... Ces virus sont excrétés dans les selles pendant un durée variant de quelques jours à plusieurs semaines(Kholi et al, 2001).
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