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La Directive Cadre sur l’Eau 2000/60/CE établit un nouveau cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau. Elle fixe comme objectif général l’atteinte, à l’horizon 2015, d’un bon état écologique et chimique des masses d’eau souterraines et de surface, ces dernières incluant les eaux côtières et de transition (estuaires en particulier). Les masses d’eau côtières et de transition sont des unités géographiques cohérentes, qui ont été définies sur la base de critères physiques ayant une influence avérée sur la biologie : * critères hydrodynamiques (courant, marnage, stratification, profondeur… ), * critères sédimentologiques (sable, vase, roche… ). Dans le bassin Loire-Bretagne, qui s’étend du Mont Saint-Michel à La Rochelle, le groupe de travail « DCE littoral Loire-Bretagne »1 a déterminé 39 masses d’eau côtières et 30 masses d’eau de transition. Les critères hydrodynamiques et sédimentologiques ont permis également d’établir une typologie des masses d’eau (côte vaseuse modérément exposée, côte rocheuse macrotidale profonde,…). Douze types de masses d’eau côtières et 5 types de masses d’eau de transition sont ainsi représentés dans le bassin Loire-Bretagne. L’article 8 de la DCE prévoit la mise en oeuvre d’un programme de surveillance des masses d’eau, de manière à « dresser un tableau cohérent et complet de l’état des eaux au sein de chaque bassin hydrographique ». Ce programme est mené sur la durée d’un « plan de gestion », soit 6 ans. Pour répondre à cette demande, chaque bassin a ainsi défini différents réseaux de contrôles dans le cadre des Schémas Directeurs des Données sur l'Eau (SDDE) prévus par la circulaire du 26 mars 2002 du Ministère chargé de l’Environnement.
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