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L'idée d'un programme de recherche sur le contrôle de la production biologique marine dans des systèmes confinés ou même clos a été développée au CNEXO dans le courant de l'année 1974, et une politique de mise en oeuvre de programme assez différente de la politique habituelle du CNEXO en la matière a été retenue pour la réalisation du programme ECOTRON. Dans la pratique, cette procédure se rapproche beaucoup des Actions Concertées de la DGRST, ou des Actions Thématiques Programmées que mène le CNRS depuis de nombreuses années. Les raisons de ce choix sont les mêmes que celles qui ont guidé les organismes précités : recueillir, sur un thème de recherche défini de manière encore générale, le plus grand nombre possible de propositions de recherche émanant de l'ensemble des laboratoires compétents, donc bien au-delà des liens presque institutionnels que constituent les conventions de recherche. C'est effectivement ce qui s'est produit dans le cadre d'ECOTRON, et de nouvelles liaisons de travail avec d'autres laboratoires universitaires et même avec des sociétés privées ont été établies.