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Les départements et territoires d'outre mer sont généralement l'objet d'enjeux économiques importants, et de conflits d'activités liés au développement touristique, aquacole, agricole et industriel. Les études font généralement état d'une lente dégradation de l'environnement marin avec diminution des coraux et de la faune associée, au profit d'une augmentation de la couverture algale. On constate parfois un envasement ou un ensablement des sites, la présence dans l'eau de polluants organiques, dont des pesticides, des métaux ainsi que des microorganismes d'origine fécale. En Martinique, ce dernier aspect, lié à l'assainissement des zones rurales, urbaines et touristiques est actuellement considéré comme une préoccupation majeure pour les prochaines années. L'étude réalisée sur le site de la baie de Fort de France en Martinique, en 1990 - 1993, avait pour objectif de définir l'impact des activités sur la qualité bactériologique des eaux de la baie. Ce travail comporte plusieurs aspects : - l'estimation des concentrations en bactéries d'origine fécale des principaux rejets ou rivières situées autour de la baie, - l'étude de la circulation des masses d'eaux dans la baie pour l'établissement d'un modèle hydrodynamique, - l'estimation des temps de mortalité des bactéries d'origine fécale dans les eaux martiniquaises en fonction des conditions locales (ensoleillement, température de l'eau, teneur en matière en suspension ... ).
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