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La qualité sanitaire du milieu marin côtier est influencée par la présence de rejets urbains ou de rejets diffus d'origine agricole. Ces effluents sont riches en bactéries ou virus d'origine fécale, dont certains ont été mis en cause dans des pathologies humaines (Beeching, 1997 ; Feldhusen, 2000 ; Lipp et Rose, 1997 ; Yam et al., 1999). Parmi les microorganismes pouvant présenter un danger pour l'homme, certains, pathogènes émergents ces dernières années, n'ont été que récemment recherchés dans l'environnement : on peut citer les Cryptosporidium et les Giardia pour les parasites, les norovirus pour les virus et les Escherichia coli vérotoxiques (VTEC) pour les bactéries. Ces derniers ne sont connus que depuis 1982, date à laquelle E. coli 0157 : H7 a été isolé pour la première fois dans des épidémies de colites hémorragiques aux Etats-Unis liées à la consommation de hamburgers contaminés (Riley et al., 1983). Les VTEC ont été depuis mis en cause dans plusieurs épidémies ou cas sporadiques au Canada, au Japon, en Afrique et en Europe ... (Chalmers et al., 2000 ; Haeghebaert et al., 2001b ; Vernozy-Rozand et Montet, 2001).
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